Historiquement, comme l'a démontré un rapport de l'IGAS, la procédure d'agrément des établissements de formation permettait, durant la période 2007-2014, à des établissements de qualités très variables de délivrer le diplôme d'ostéopathe.
Cette procédure d'agrément a fait l'objet d'une réforme réglementaire (décret n°2014-1043 du 12 septembre 2014, et l'arrêté du 29 septembre 2014 relatif à l'agrément des établissements de formation en ostéopathie) visant une homogénéisation de la formation, et venue durcir les modalités d'obtention d’agrément pour les établissements de formation.
En effet, cette nouvelle réglementation instaure plus de 60 critères d'agrément exigeants, s’assurant que les formations délivrées se fassent dans les meilleures conditions pour les étudiants.
L’agrément d’un établissement dure 5 ans et doit faire l’objet d’une demande de renouvellement auprès du ministère de la santé.
Malgré les nouvelles modalités d'agréments, il reste important d'être vigilant au respect de certains critères de qualité d’enseignement : qualification et expérience des enseignants, formation pratique clinique, partenariats professionnels, académiques ou scientifiques, inscription au Répertoire National des Certifications Professionnelles (RNCP), etc.
